Redan på medeltiden har det funnits kyrklig aktivitet i Iniö. Socknen var ursprungligen en del av Tövsala församling, som omnämns redan år 1373. Ortnamnet Iniö, skrivet Jnnieboll, finns belagt år 1463 som ett skilt skattelag. Från år 1557 finns Iniö kyrka nämnd, år 1642 byggdes veterligen en ny kyrka. Några lämningar från det allra äldsta kapellet har man inte funnit, men man tror att det var beläget på en åker söder om prästgården. Kapellplatsen från 1600-t, omgärdad med balkar, finns fortfarande kvar ca 500 m norr om kyrkan, bakom församlingshemmet.  Kapellet förföll, och år 1790 beslöt sockenstämman att en ny kyrkobyggnad måste uppföras.

Man tror att det redan på katolsk tid funnits en munk eller präst på Iniö för de sjöfarandes skull, gamla namn som Helgö och Munkvik i Keistiö tyder på detta. De äldsta nattvardskärl som finns kvar i Iniö saknar datering, men tros vara från mitten av 1400-t.  

Administrativt var församlingen helt beroende av Tövsala moderkyrkas kyrko-herdar och kaplaner. De präster som under kapelltiden förrättade gudstjänster, dop, vigslar och begravningar hämtades med båt från fastlandet. Speciellt under menförestider fick folket lov att klara sig med klockaren och kapellbönderna.  

Självständigt kapell blev Iniö år 1689, då förordnades den första prästen till Iniö, och helt självständig blev församlingen genom ett beslut i senaten år 1908, det genomfördes fem år senare.

Kyrkan och församlingen är viktiga för iniöborna i den dag som är.  Trots landets högsta kyrkskattöre, 2,25 %, har församlingen möjlighet att avlöna endast en heltidsanställd: t.f. kyrkoherden  Kantorns tjänster köps av Houtskärs församling, i praktiken fungerar han som konsult och spelar vid förrättningar. Vid högmässorna är det oftast kyrkoherden själv som framför kyrkomusiken. Ekonomin sköts av en bokföringsbyrå. Kyrkvaktmästarens uppgifter sköts på frivillig väg. Graven grävs av de anhöriga. Kyrkans två klockor rings för hand, också det ideellt, en Medborgarinstitutkurs har lärt intresserade iniöbor hur man gör. Speciellt för Iniö församling är att man ringer helgmålsringningen vid solnedgången, eller senast kl 20.00. ”Normalt” rings den kl 18.00

Den kyrka vi nu ser är alltså det tredje kyrkliga hus man känner till i Iniö.

Kyrkobygget inleddes 1797 under ledning av byggmästare Mickel Piimänen. Medel till bygget ficks bl a genom två kollekter, den första i Åbo stift 1793 och den andra år 1800 i hela det svenska riket. Till midsommaren år 1801 invigdes kyrkan av biskop Jakob Gadolin och tillägnades såsom en tacksamhetsbevisning mot kungen prinsessan Sophia Wilhelmina som fötts samma år. Enligt ett kungligt påbud från 1781 textades uppgifter om byggnadsår och regent ovanför kyrkans ingång. Ursprungligen var det en trätavla med texten: ”Uti Gustaf IV Adolphs andra regerings år uppbyggd och med torn försedd 1800”.  År 1951 ersattes trätavlan med en svart, slipad granittavla.

Kyrkan brann på långfredagen 1880. Taket, tornet och inredningen totalförstördes. I juli följande år återinvigdes kyrkan som reparerats efter arkitekt C J von Heidekens ritningar. Då fick kyrkan sin tornhuv som påminner litet om Åbo Domkyrkas.

Sin nuvarande interiör har kyrkan fått efter en grundrenovering åren 1967-68 då inredningen förnyades, elvärme och –belysning installerades, den gamla läktaren revs bort och orgeln byggdes framme vid altaret. Senast har kyrkan renoverats inför 200-års jubileet i maj 2001, då kyrkan målades invändigt och bl a försågs med sprinklers för automatisk brandsläckning.

Altartavlan är signerad ”Wivi Munsterhjelm – 1907” och föreställer herdarnas tillbedjan. Votivskeppet, en tremastad bark, är byggt av Viktor Andersson från Åland och donerat till kyrkan av Arto och Gunhild Sipinen. Predikstolen i nygotisk stil är ritad av C J v Heideken. Orgeln är byggd av Hans Heinrichs år 1969 i Maxmo. Bänkarna har snickrats av U. Veistinen i Tövsala.  Ljus- och kristallkronorna är alla donationer, värd att notera är särskilt mässingskronan som är sammanfogad av två mässingskronor från 1600-talet. Dopfatet i silver från 1950 är en gåva av Iniös fadderförsamling i Lysvik, Sverige. Missionsljustaken, smidd av Sakari Koskenalho är invigd år 1996. Utanför kyrkan står en fattigbössa från 1800-talet och en timsten från 1799. Solurets fot av tegel är från 1880-talet. Uret följer vintertid, man skämtar i Iniö att det  t  o m är ”lokal tid”, dvs den går lite efter!

Med anledning av kyrkans 200-årsjubileum beställdes en serie handgjorda kyrktextilier av textilkonstnären Anna-Maija Aarras. Varje liturgisk färg har sitt eget tema, sitt eget naturmaterial och sin egen symbol. Den allra äldsta kristna symbolen, fisken, som pryder den gröna serien lämpar sig särskilt väl här ute. I skärgårdssamhället är det kyrkliga och det värdsliga livet delar av samma helhet.        

Kyrkogården har utvidgats år 1867, den omges sedan 1820 av en stenmur.

Ett  besök på kyrkogården kan berätta mycket om samhället och församlingen. Till vänster om porten påminner en natursten från Söderby om skärgårdens  levnads- och dödsvillkor. Ingraveringen lyder: Till minnet av havets offer. Buskarna-träden på ömse sidor om kyrkgårdsporten är tujor.

Hjältegraven invigdes år 1950. Där lägger ungdomar från Iniö UF på de Stupades dag i maj ner en krans av hembygdens mossa vid monumentet och minns de sex iniöynglingar vilkas ungdom fick ett brutalt slut i kriget. 

Bårhuset byggdes 1972 efter ritningar av byggmästaren Heikki Nepponen från Gustavs. En tidigare "likbod" från ca 1800 har flyttats och står nu NV om kyrkan.